洁净室污染的zui大威胁来自用户本身。在医疗和制药行业，微生物的控制非常重要，特别是可能从皮肤脱落沉积到气流中的微生物。

应当回顾微生物监测数据，确认污染源自测试中所使用的物料或技术的差错，可判该测试无效，否则判该批次不符合要求，应调查生产或实验室存在问题，并深入全mian地调查整个生产工艺。

评估所穿洁净服的过滤能力，洁净服由于反复灭菌使用，并无法保证所有重复使用的洁净服都具有相同的过滤性能。

无菌药品的要求应该算在制药行业中zui为严格。近些年，药品质量控制的观念也在不断发生改变，从“检验控制药品质量”到“通过生产过程控制”，继而又到“质量源于设计”理念。

一个设计良好的空气处理系统应该将新鲜的和再循环的过滤后的洁净空气一起输送到洁净室中，在一起把颗粒从洁净室带走。

层流空气流动系统通常在洁净室天花板的80%上使用，以保持恒定的空气。不锈钢或其他非脱落材料用于构造层流空气流动过滤器和罩，以防止多余的颗粒进入空气。

洁净室又可称作无尘室（Cleanroom），通常用作专业工业生产或科学研究的一部分，包括制造药品，集成电路，CRT，LCD，OLED和microLED显示器等。

因洁净室造价较高，常出现所留空调设计空间较小的情况，所以洁净室空调设计中会出现两相邻洁净室共用同一回风夹道的情况，一般情况下，相邻洁净室压差不同，这样的设计导致相对压力值低的洁净室无法回风，压力高的房间空气压入相对低压力房间，正压值不能准确调试，有序的压力梯度分布保持洁净室的洁净度非常重要，而共用回风夹道的设计和可能引起交叉污染。